Microbial Genomics Lab

Eduardo Castro-Nallar - Jaime Alarcon

Sandro Valenzuela-Diaz - Katterinne Mendez

http://www.unab.cl - http://www.cbib.cl - www.castrolab.org - http://www.ucdavischile.org

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Workshop-UTA

Bienvenidos al repositorio del taller teórico-práctico de Bioinformática Genómica: Secuenciamiento Masivo y Metagenómica. Aquí encontrarán todo el material que necesitan para completar el taller.

Día 1:

• Teoría:

  • Tecnologías de secuenciación masiva

• Práctica:

  • Preparando el computador...
    • Introducción a la terminal, Bash, R/RStudio y Bioconductor.
    • Guía de commandos básicos.

Día 2:

• Teórico:

  • 16S rRNA ventajas, limitaciones y análisis

• Práctico:

  • Introducción a mothur, SILVA y GreenGenes.

Día 3:

• Teórico:

  • Análisis de datos - diversidad, co-ocurrencia, abundancia diferencial

• Práctico:

  • Diversidad alfa y beta, métodos de distancia y escalamiento multidimensional, análisis de abundancia diferencial, y redes de co-ocurrencia.
    • Análisis en Mothur.

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