1 Spatial3D

3D Reconstruction of Spatial Transcriptomics Data

2 空间转录组 3D 重构实战

• 配准：推荐paste/paste2, 准确快速。
• surface构建：推荐voxel/Marching Cubes这2种方法

3 交互式可视化开发

• 下载app里面的全部代码
• 配置环境，安装所需包
• 启动环境，进入app目录，运行 python app.py
• 数据输入格式参考example目录，必须包含x,y,z散列

---

4 App用法展示

4.1 Point Cloud 可视化模式

• Point Size：调整点的大小
• Opacity：调整点的透明度
• Expand Z: 调整Z轴间的间距（主要用于可视化Z轴方向的变化）

4.1.1 原始结果

4.1.2 调整point size结果

4.1.3 改变Expand Z的结果

---

4.2 Mesh 可视化模式

• Voxel 模式
• Marching Cubes 模式

4.2.1 Voxel 模式

• 导入数据，并选择 Voxel 模式
• 点击 Render Mesh 按钮进行渲染
• 参数的具体用法见说明

4.2.2 Marching Cubes模式

4.2.3 同时展示points + Mesh

• 在Mesh模式下，勾选Show Points Overlay

4.2.4 全局参数

- Color By：point按照哪一列进行着色 
- Filter By Column：按照哪一列对数据进行筛选