Esse repositório tem como objetivo documentar atividades do PICME do IMPA Tech R para ciência de dados.
Há um enorme viés para a minha área (dados de casos de doenças infecciosas)
- Casos semanais de arboviroses (dengue, Zika e chikungunya) notificados por município no Brasil
- Dados tratados: InfoDengue [https://info.dengue.mat.br/]
- Dados tratados: Mosqlimate [https://mosqlimate.org/]
- Casos de hospitalizações pela síndrome respiratória aguda grave (SRAG)
- Dados brutos: [https://dados.gov.br/dados/busca?termo=SRAG]
- Dados tratados por semana, UF e capitais: InfoGripe [https://gitlab.fiocruz.br/marcelo.gomes/infogripe/]
- Dados de clima no Brasil (diários por município)
- Dados climpáticos de reanálise de satélites tratados: Mosqlimate [https://mosqlimate.org/]
- [Software] R [https://www.r-project.org/]
- [Software] RStudio IDE (Integrated development enviroment) [https://posit.co/download/rstudio-desktop/]
- [Livro] R for Data Science, Hadley Wickham et al. [https://r4ds.hadley.nz/] (Versão em português disponível)
- [Livro] Spatial Statistics for Data Science: Theory and Practice with R, Paula Moraga [https://www.paulamoraga.com/book-spatial/]
- [Livro] ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis (3e), Hadley Wickham et al. [https://ggplot2-book.org/]
- [Livro] R Packages (2e), Hadley Wickham & Jennifer Bryan [https://r-pkgs.org/]
Seguindo o Guia para Criação e Gerenciamento de Ambientes R no Anaconda
Abra um terminal, crie um ambiente com os pacotes pré-instalados.
Por exemplo, para criar um ambiente chamado 'ambiente_R', você pode usar o nome que quiser para o ambiente, e, no mesmo comando, instalar o tidyverse replique no terminal:
conda create -n ambiente_R -c conda-forge r-tidyverse
Para ativar o ambiente criado:
conda activate ambiente_R
Dentro do ambiente criado basta abrir o R ou preferencialmente uma IDE (integrated development environment) como o RStudio. Para a abrir o RStudio basta digitar rstudio no terminal, mas eu prefiro incluir um & para manter o terminal livre rodando o RStudio no background.
rstudio &
Uma vez aberto o RStudio, pode trabalhar normalmente nele.
No RStudio um novo pacote pode ser instalado localmente via 'install.packages' ou via ambiente gráfico. Se a instalação local falhar, você pode tentar instalar o pacote via anaconda. Para isso volte ao terminal que o ambiente R foi ativado e instale o pacote por lá com o comando
conda install -c conda-forge r-nome_do_pacote
Por exemplo, para instalar o units (Esse pacote precisa de uma biblioteca externa que teoricamente precisaria de um usuário sudo para instalá-la)
conda install -c conda-forge r-units
Se quiser puxar o kit completo, com vários pacotes de uma vez, faça:
conda create -n ambient-r -c conda-forge \
r-tidyverse \
r-geofacet \
r-metbrewer \
r-ggpubr \
r-scales \
r-ggnewscale \
r-sf \
r-colorspace \
r-geobr \
r-devtools \
r-roxygen2 \
r-testthat \
r-knitr
conda activate ambiente-r
rstudio &