这是amber进行分子动力学模拟过程记录

1.蛋白和配体预处理

2.常规动力学模拟

3.模拟结果分析（动能-温度，势能，总能量及频率分布）

4.结合自由能计算（MM/PB(GB)SA，残基分解，丙氨酸扫描）

5.相互作用机理分析（残基分解，丙氨酸扫描）

6.轨迹特征获取（RMSD,RMSF,B-Factor）